Схема работы

Всё начинается с index.php, который делает все приготовления для работы и инициализирует класс Kernel, который в свою очередь запускает Zend и передаёт ему управление проектом.

Zend парсит вызванный URL и вызывает соответствующие /плагин/контроллер/экшн

т.е. если мы хотим перейти на страницу регистрации, мы заходим на http://site.ru/user/register/index в этом случае будет вызван плагин user, затем его контроллер register и экшн index